采用MBR作为泥水分离的活性污泥工艺中，较少考虑活性污泥膨胀的沉降性能下降对泥水分离的上清液的水质影响，多数污水厂愿意采用MBR也是基于MBR工艺的这个优势来避免二沉池在活性污泥膨胀期间频繁翻泥的情况，但是并不是活性污泥在膨胀期间对MBR就毫无影响，膨胀期间过快生长的丝状菌，形成的长链微生物组织，会在MBR膜丝表面网织成生物菌膜，大大增强了活性污泥的附着强度，在原有的膜擦洗风机的曝气强度下，较难有效去除膜丝表面的活性污泥。对于采用MBR工艺的活性污泥法来说，针对污泥膨胀也是要进行相应的运行管理措施进行控制的，过高的SVI污泥指数，同样会对MBR膜的去除能力造成污堵的情况。
1、当活性污泥产生大量生物泡沫的故障时（生物泡沫较多的时候，一般会有活性污泥的大量流失），或膜堵塞而导致MBR池的活性污泥溢出等情况。活性污泥的生物泡沫大量爆发期间，在泡沫表层会形成发硫细菌、诺卡氏菌、丝状菌的混杂生物膜，保护了生物池表面的泡沫不破灭，从而形成厚的泡沫堆积层。而这种污泥泡沫的本质也有污泥膨胀的因素在其中，同样对MBR膜表面形成致密生物膜导致MBR膜通量下降，造成MBR膜的污堵现象严重。
2、在相关的研究中也发现，污水厂的活性污泥脱水性能与MBR膜污堵情况也是相关的，在低温运行期间，活性污泥的表面多糖分泌增多，污泥膨胀和污泥泡沫问题较多出现，这个阶段的活性污泥脱水效果下降，污泥实质脱水的干物质减少，污泥量增高，生物池内的污泥浓度也相应升高。采用MBR膜的污水厂在低温运行期间，由于膜法的特殊泥水分离方式，不再考虑沉降性能，往往采用过高的污泥浓度来进行工艺控制，一般可达10g/L以上。但是高污泥浓度直接带来MBR膜的运行难度，膜擦洗风机的风量风压不足，对高污泥浓度的清洗效果不佳，导致MBR的通量下降过快，离线清洗化学清洗频次增加，MBR膜的寿命也随着下降。
3、对于MBR分离器的活性污泥法工艺中，MBR并不是解决活性污泥异常工况的终极武器，在短期内活性污泥的异常工况可以通过MBR的过滤作用抵消，但是长期运行下去，MBR的膜通量下降，清洗周期缩短，膜的寿命缩短，往往使使用MBR工艺的污水厂失去对MBR的使用预期，最终认为MBR膜的工艺不适用。对于污水厂运行管理人员来说，一定要确认，MBR只是泥水分离的膜组件，不是微生物工艺部分，并不能有效地改善活性污泥本身的微生物性质。如果没有清楚的认识，运行人员抱着一味的相信MBR可以免除多种运行问题的错误观念，这样的MBR运维管理，活性污泥的异常工况往往会被放大，对MBR膜造成更为严重的工艺影响。所以在采用MBR工艺的污水厂中，仍然需要严格控制，活性污泥本身的微生物特性，保持合理的污泥浓度，选择合理的污泥龄，结合MBR本身的特性，确定不同运行温度下的最佳的控制参数，这样才能将采用MBR膜的活性污泥法工艺的优势发挥出来。
MBR受到本身运行特性，污水中复杂悬浮杂质的影响，预处理工艺无法完全彻底对进水中的悬浮杂质去除干净，活性污泥本身的微生物运行特性等因素的共同作用，在线清洗不能有效保障MBR膜的通量的保持，必须定期进行的人工清洗来恢复MBR膜的膜通量。MBR膜的人工清洗需要将MBR组件从安装位置拆卸下来，吊离工作位置，进入化学清洗池内进行化学浸泡，再吊出进行人工杂物清理。整个过程需要一定的专业技能才能保障MBR膜的有效清洗。多数污水厂，特别是在一些中小规模的污水厂，很难找到专业的MBR膜的清洗人员，一般会进行清洗外包，但是清洗外包人员的专业水平不能保障。这样就很难确保MBR膜得到有效的清洁再生。甚至会发生外包人员的操作不当，使用不恰当的工具，对膜丝缠绕的杂物生拉硬拽，导致膜丝断裂的情况发生；也有对出水管拆卸不严格按照膜组件要求进行，导致密封部件破损，安装后活性污泥混合液进入到膜丝内部，加快膜丝的堵塞；吊装过程中的不当操作，吊装前未能及时清理底部淤积的泥沙，导致吊装过程中膜组件框架散落，膜组件破损的现象发生。这些不正确的非专业的操作都会造成MBR膜的使用寿命缩短，运行成本的增加。
5、因此在MBR膜组的运行中，选择有专业技能的清洗人员是保障MBR功能恢复的保障，也是有效避免MBR膜组件出现人为原因的损伤的前提；由于专业人员清洗的费用较高，在实际的运行成本测算中，需要对这部分的费用进行测算，以免出现成本测算缺少造成运行压力大情况。
6污水中的硬度和盐度问题会对MBR造成较为严重的污堵情况。一些地区的水质中硬度和盐度都较高，过多的Ca2+，Mg2+离子和其他金属类离子，在MBR膜池中的膜擦洗风机的曝气作用下，会和曝气中的CO2结合成沉淀，沉积在MBR膜表面，堵塞MBR的通道，造成膜的污堵，需要增加酸洗碱洗等化学清洗频次和化学清洗药剂的浓度，这样会严重缩短MBR的使用寿命。因此在水的硬度、盐度较高的地区，污水厂的工艺选择要慎重选择不适用的MBR工艺，避免复杂和高难度的清洗过程以及过程中产生高额的运行费用，导致成本控制难以进行，运行出水水质水量效果差。
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